Biskupství brněnské je zřizovatelem pěti církevních škol – Biskupského gymnázia Brno a mateřské školy, Katolického gymnázia Třebíč, Křesťanské základní školy Jihlava, Střední odborné školy sociální u Matky Boží Jihlava a Mateřské školy Jabula v Moravských Budějovicích.
Dále dvou školských zařízení: Církevního domova mládeže (dále CDM) Petrinum a Křesťanské pedagogicko-psychologické poradny (dále KPPP) Brno. Koncem roku 2022 se v nich vzdělávalo 90 předškolních dětí, 270 žáků základní školy a 1403 středoškoláků. CDM Petrinum se stal přechodným domovem pro 118 studentů. Služeb KPPP Brno v roce 2022 využilo 1 050 klientů (především rodičů s dětmi), kterým bylo poskytnuto více než 4 100 konzultací, intervencí a odborných vyšetření.
Zájem o studium na církevních školách v rámci diecéze je trvale velký. Například na Biskupském gymnáziu Brno, které poskytuje vzdělání více než 30 roků, je každoročně přijat každý třetí uchazeč, dlouhodobě velký zájem je i o umístění dětí v mateřské škole při tomto gymnáziu. Jihlavská základní škola, která nabízí vzdělávání i dětem s nejrůznějšími handicapy, je vyhledávaná rodiči z celého regionu. Resort školství ČR po období nejrůznějších pandemických omezení stanul před další výzvou: nabídnout a přizpůsobit dětem a mladým lidem prchajícím před válkou na Ukrajině vzdělávací a volnočasové aktivity. Církevní zařízení brněnského biskupství v rámci této výzvy opakovaně uspořádaly finanční a humanitární sbírky, pomohly s realizací adaptačních a volnočasových programů, brněnský domov mládeže Petrinum umožnil ubytování čtyřem studentům. Zejména v počátečním stadiu konfliktu se školy pokusily i o jejich začlenění do výuky. Potěšitelné je, že někteří vytrvali doposud. Ke konci roku 2022 KZŠ Jihlava vzdělávala 18 ukrajinských žáků a tři studenty Biskupské gymnázium v Brně.
Žáci a studenti církevních škol dosáhli opět zajímavých úspěchů: J. Kohl z brněnského Biskupského gymnázia obdržel Cenu J. Heyrovského za vynikající účast ve dvou olympiádách (fyzikální a astronomické), další zvítězili ve sportovně-vědomostní soutěži o „Pohár rektorky Univerzity obrany“ a v ostatních krajských sportovních kláních. Potěšila také celostátní první místa v literárním projektu Cemach a v konverzaci ve španělštině, 2. místa z francouzské olympiády a z mezinárodního projektu Evropské vesmírné agentury i první místo krajského kola matematické olympiády. Studenti Katolického gymnázia Třebíč obsadili v krajském kole SOČ první dvě místa (kategorie ekonomika a kultura) a uspěli v moravské části florbalového turnaje SŠ Subterra Cup. Do různých soutěží se zapojuje také jihlavská Střední odborná škola sociální u Matky Boží.
Přehled všech církevních škol v brněnské diecézi je ZDE
