Pro nábožensko-politické přesvědčení byl už jako student perzekuován a po mnoha obtížích maturoval až v roce 1956 na jedenáctiletce v Hodoníně. Protože pronásledování komunistickým režimem provázené výslechy StB pokračovalo, začal se po maturitě připravovat na útěk do zahraničí.
15. června 1957 emigroval do Rakouska a tři měsíce pobýval v uprchlickém táboře v Glassenbachu u Salcburku.
V září 1957 byl přijat do Papežské koleje Nepomucenum v Římě a po studiu filozofie a teologie na Lateránské univerzitě byl 9. 3. 1963 v bazilice sv. Jana v Lateráně kardinálem Tragliou vysvěcen na kněze. Po získání licenciátu teologie v červnu 1963 byl poslán mezi krajany do arcidiecéze San Antonio v Texasu.
V roce 1966 se vrátil do Říma, kde se začal připravovat k doktorské práci na téma „The Unionistic Congresses at Velehrad“, kterou o rok později obhájil. Po návratu do USA v létě 1967 zahájil své akademické působení v koleji svaté Kateřiny v Saint Paul v Minnesotě, kde byl roku 1980 jmenován řádným profesorem. Po celou dobu vypomáhal v duchovní správě řady farností.
Současně v letech 1974 – 1995 působil v americkém letectvu jako vojenský kaplan v záloze.
V roce 1978 se začal Petr Esterka intenzivněji věnovat práci mezi českými katolíky v USA a Kanadě.
Roku 1984 byl požádán biskupem Janem Mořkovským, aby založil Spolek sv. Vojtěcha pro záchranu římské Papežské koleje Nepomucenum.
V roce 1986 byl biskupem Jaroslavem Škarvadou, který působil v Římě a pečoval o naše krajany v zahraničí, jmenován jeho biskupským vikářem pro USA a Kanadu. V roce 1994 se jeho působení rozšířilo i na Austrálii.
Roku 1987 mu byl udělen titul monsignor a roku 1992 byl jmenován čestným prelátem.
5. 7. 1999 jmenoval papež Jan Pavel II. Petra Esterku pomocným biskupem brněnským a pověřil ho duchovní péčí o české katolíky v cizině.
Biskupské svěcení přijal Mons. Petr Esterka 11. září 1999 v katedrále sv. Petra a Pavla v Brně od svého sídelního biskupa Mons. Vojtěcha Cikrleho. Spolusvětitelem je arcibiskup Mons. Giovanni Coppa, apoštolský nuncius v České republice, a Mons. Jan Graubner, arcibiskup olomoucký a metropolita moravský.
