Obnovené Biskupské gymnázium v Brně zahájilo svou činnost po půlroční intenzivní přípravě 2. září 1990. V prvním školním roce sídlilo na Veveří ulici a mělo 3 třídy 4letého studia a 2 třídy 2letého studia. Ty byly určeny pro dospělé studenty, kteří chtěli absolvovat bohoslovecké fakulty, ale v době totality jim bylo znemožněno získat maturitu. Od 1. září 1991 se již vyučovalo v původní budově gymnázia na Barvičově ulici a k dosavadním typům studia přibyly 2 třídy gymnázia 8letého. Kapacita školní budovy se postupně naplňovala až na dnešních téměř 800 studentů ve 30 třídách. Od prvních maturit v roce 1992 nastoupilo přes 30 absolventů na teologické fakulty v Praze, Olomouci a Českých Budějovicích.
