Začátek působení Domova se datuje k 1. listopadu 1993, ale Domov sv. Markéty byl oficiálně otevřen v lednu roku 1994. Město Brno v době vzniku Domova podobné zařízení velmi postrádalo. Tehdy byla na dvacet let uzavřena dohoda o spolupráci a pronájmu budovy, která je majetkem města Brna.
Kapacita Domova je v současné době 28 jednotek sociálního bydlení a jedna jednotka nouzového ubytování. Celkem se v objektu nachází 100 lůžek. Poptávka přesahuje 100%. Pomoc zde nacházejí maminky převážně z Brna a okolí s dětmi do 18 let na dobu nezbytně nutnou (až jeden a půl roku). Maminkám je nabízen sociální program, který jim umožňuje získat základní nutné vědomosti a návyky k výchově dětí, vedení domácnosti či jednání s úřady.
Pro děti všech věkových kategorií je připraven výchovný program pod vedením
vychovatelek. Zařízení nabízí sociální, psychologické a právní poradenství.
Jednou ze služeb je materiální výpomoc z charitního šatníku.
Za deset let, kdy Domov sv. Markéty v Brně působí, se mnoho změnilo díky
dárcům, sponzorům a lidem, kteří jsou ochotni nezištně pomáhat matkám s
dětmi v tísni.
V pátek 14. listopadu v 16.30 hod. pořádal Domov sv. Markéty pro matky s dětmi v tísni módní přehlídku k 10. výročí svého působení. Akce se konala v Moravském muzeu na Zelném trhu v Brně. Klavírní skladby přednesl Jakub Kozák, dobrovolný spolupracovník Domova. Generálním sponzorem byla firma FLOR centr, dále pak akci sponzorovali Osvětový klub Brno, supermarket Albert, Kabinet D...Módy a Besední dům Brno.
Vystavené dekorační předměty, které byly vyrobeny maminkami a dětmi z Domova, bylo možné zakoupit a výtěžek z akce bude použit na výchovný program pro děti.