Dohoda o vzniku duchovní služby v rezortu obrany byla mezi představiteli Ministerstva obrany (MO) ČR a zástupci církví podepsána 3.6.1998 v Praze. Od tohoto data vysílají církve účastnící se dohody své kaplany do AČR jako společné zástupce.
V AČR působí v současné době 14 kaplanů z pěti církví - Církve římskokatolické, Českobratrské církve evangelické, Církve bratrské, Československé církve husitské a Církve adventistů sedmého dne.
Kaplani mají v AČR své nezastupitelné místo. Jejich služba se nevztahuje pouze na věřící příslušníky armády, ale vzájemně se doplňuje se službou psychologickou. Kaplani nechybějí v žádné zahraniční misi. Od počátku působení v AČR se účastnili 12 zahraničních misí v Bosně, Kosovu, Afghánistánu, Kuvajtu a Iráku.
Ekumenické bohoslužby v kostele sv. Jana Nepomuckého v Praze na Hradčanech se zúčastnil 1. náměstek ministra obrany Ing. Miroslav Kostelka, náčelník Generálního štábu AČR Ing. Pavel Štefek, zástupci operačních velitelství, čeští a moravští katoličtí biskupové a představitelé křesťanských církví.
Po skončení ekumenické bohoslužby následovalo společenské setkání v Arcibiskupském paláci, při kterém náměstek ministra obrany předal zástupcům církví ocenění za jejich aktivní přístup při vzniku a rozvíjení duchovní služby v rezortu ministerstva obrany. Brněnský biskup Vojtěch Cíkrle, který je při České biskupské konferenci pověřený péčí o duchovní službu v armádě, byl oceněn stříbrným Záslužným křížem ministra obrany. Stejné ocenění obdržel také Tomáš Holub, hlavní kaplan Armády ČR.
