Nové řešení interiéru, které liturgicky i umělecky odpovídá začátku třetího tisíciletí, vzešlo ze spolupráce současného duchovního správce Karla Cikrleho a architekta Jiljího Šindlara; řezbářsky se podílel Vladimír Matoušek. V kostele zůstaly historicky a umělecky hodnotné věci: při rekonstrukci objevený a obnovený portál z doby kolem r.1200, kamenná křtitelnice a kazatelna (nyní rozebraná) z r.1574 (v Komárově jsou od r.1790), dřevěné plastiky Komárovské Madony z doby kolem r.1500 (v kostele je kopie) a sv.Jiljí z r.1871, obraz Panny Marie mariazellské z r.1722 pocházející ze zbořené kaple, obraz sv.Jiljí z r.1826. Varhany (12 rejstříků) jsou z r.1989. Bronzový zvon sv.Benedikt a sv.Jiljí byl přelit r.1768, dva ocelové ulity r.1919.
Rekonstrukce stála 8,5 milionu Kč. Z této částky přibližně 35% bylo hrazeno ze státního rozpočtu, 32% od MMB, přispěl JMK, MČ Brno-Jih, 25% jsou dary farníků; ze sponzorů byli nejštědřejší Cola-transport, JME a JMP.